Der Ursprung des Gemeindenamens St. Stephan soll ins Jahr 303 n. Chr. zurückgehen. In dieser Zeit der Christenverfolgung liess sich ein römischer Soldat namens Stephanus, welcher einer im Wallis stationierten Legion angehörte und als guter Christ und Heilpraktiker bekannt war, am Eingang des Fermeltals - dem heutigen "Zuhäligen" - nieder. Dass die Region ein Durchgangsgebiet der Römer war, dafür sprechen auch gewisse Flurnamen. So zum Beispiel der Name "Fermel", der bereits im Jahr 1329 mit dem lateinischen Begriff "am Vermil" erwähnt wurde. Bewirtschaftungsbräuche aus der damaligen Zeit lassen aber auch auf einen alemannischen Ursprung der Gemeinde schliessen. Der Begriff der Bäuert stammt beispielsweise aus dem Alemannischen und bedeutet soviel wie "Baurecht".

Im Jahr 1228 wurde die örtliche Kirche erstmals urkundlich erwähnt. Sie dürfte jedoch bereits im 10. Jahrhundert als Bestandteil der Kirche Zweisimmen entstanden sein und gehört zur Herrschaft Mannenberg der Barone von Raron. Im Jahr 1336 gelangte die Kirche dann in den Einflussbereich des Klosters Interlaken. Dieses wehrte sich noch im Jahr 1443 erfolgreich gegen den Wunsch der lokalen Bevölkerung, eine eigene Pfarrei in St. Stephan zu errichten. In diese Zeit hinein fällt auch eine starke Zuwanderung aus dem Wallis. Es waren die Geschlechter Perren aus Zermatt, der Kuhnen und der Werren, die damals ins Obersimmental zogen.

Im Jahr 1525 konnte die Trennung von der Kirche Zweisimmen schliesslich vollzogen werden. In dieser Zeit wurden die Obersimmentaler von den Herren in Bern gezwungen, die Reformation durchzuführen. Die Bewohner des Dorfes wehrten sich jedoch teilweise gegen diesen Zwang. So entfernten sie die alten Schnitzereien im Chor der Kirche trotz Aufforderung der Berner nicht, sondern überdeckten sie nur. Bei der Restaurierung der Kirche 1966 bis 1968 kamen die alten Schnitzereien schliesslich wieder zum Vorschein. 1602 wurden die Kirchenscheiben, deren Originale sich heute im Musée de Cluny in Paris befinden, eingebaut. Im Jahr 1778 erfolgte der Bau der Orgelempore und der Orgel. Die Turmuhr wurde 1826 eingebaut.

Die eigentliche politische Gemeinde St. Stephan wurde im Jahr 1834 gegründet. Bewährte Strukturen wie de Bäuerten wurden dabei belassen und erfüllten weiterin gewisse Aufgaben wie z.B. den Strassenbau und die Wasserversorgung. Andere Bereiche wie die allgemeine Verwaltung oder das Schulwesen wurden sinnvollerweise im Rahmen der politischen Gemeinde St. Stephan zusammengeschlossen. Danach ging der technische Fortschritt auch an St. Stephan nicht spurlos vorüber. 1910 wurde beispielsweise die erste Hochsapannungsleitung zum Holzwerk Rieder gebaut. 1912 entstand die Bahnverbindung von Zweisimmen nach Lenk. Die Bäuerten wurden mit Strassen besser erschlossen. Im Kriegsjahr 1944 wurde der Militärflugplatz gebaut, welcher der Armee bis 1999 diente. Schliesslich brachte 1971 der Skiliftbau und 1981 der Bau der Sesselbahn Ried-Längenbrand den heute unentbehrlichen Tourismus vollends nach St. Stephan.

In Silber auf einem grünen Hügel ein purpurgekleideter St. Stephan mit goldenem Nimbus, rechts ein rotes Evangelienbuch, links einen grünen Palmzweig und im aufgeschlagenen Mantel die silbernen Steine haltend.

Redendes Wappen. Im späten 19. Jahrhundert geschaffen, von der Gemeinde 1930 angenommen.